非等位基因即位于染色体不同位置的基因。其相互作用可以分为以下几种:
简单相互作用Simple Interaction,F2分离比 9:3:3:1。在这种情况下,两个非基因的基因对影响相同的性状。这两个因素中的显性等位基因在单独的时候产生不同的表现型。当两个显性等位基因都在一起时,它们就会产生一个不一致的新表型。显性等位基因的缺失导致了另一种表现型。鸡冠形状类型就是最好的例子:R基因产生玫瑰冠和P基因产生豌豆冠的两种都在单梳上占主导地位,两种主要基因的存在都导致了核桃冠。
互补效应Complementary Factor,分离比9:7。某些特征是由两个或多个基因间的相互作用产生的,这些基因是由不同遗传而来的,相互补充。单独存在时不表现出表型,只有当它们在一起时,才会表现出表型。在甜豌豆中,基因C和P都是合成花青素所需要的基因,从而产生紫色。但是没有任何一种基因时不能产生花青素导致白花。所以C和P对于花青素合成是互补的。
上位效应Epistasis:分为两种,隐性上位,分离比9:3:4。在这种情况下,一个基因的纯合子隐性决定了表型而无视其他非等位基因,即遗传上位作用。如老鼠的毛色 第二种是显性上位,分离比12:3:1。有时显性基因不允许表达另一种非等位基因,即显性上位。在夏季南瓜中,水果的颜色由两个基因决定。显性基因W为白色,抑制了控制黄颜色的基因Y的表达。因此,黄色只有在没有W的情况下才会出现,因此W是Y的显性上位,在都没有W和Y的情况下,表现为绿色。
修饰作用,有些基因它本身没有表型效应,但影响了另一种非等位基因的表达,从而可影响其他基因的表型效应。据其作用,分为强化基因,限制基因和抑制基因。
累加效应,分离比9:6:1。两个非等位基因控制一个性状,当它们单独时产生相同的表型,但是当两个基因同时出现时,它们的表型效应因累积效应而增强。在大麦中,A和B的两个基因会影响到蘖的长度。
重叠基因Duplicate Gene,分离比15:1。有时,一个性状由两个非等位基因控制,它们的显性等位基因会产生相同的表型,无论它们是单独的还是两个基因一起。
显性重叠基因,分离比11:5。一个由两个基因对控制的性状,只有当两个非等位基因显性或两个等位基因显性时,显性表型才会产生。这种例子是在棉花的色素腺体中发现的。