元朝青藏高原正式成为中国领土,这是连官方都承认的历史事实。而之前,青藏高原政权与中原王朝,或敌或友,但一直出于独立政权状态,甚至将领土拓展到中亚的唐帝国,经常被吐蕃(青藏高原政权)吊打,长安城都差点被攻破。
元朝,于中央特设宣政院(初名释教总制院),直辖其地。遇事则设行宣政院,并派官兵前往。开始“郡县吐蕃之地”。
明代统一中国以后,裁撤了"宣政院"建置,摒弃了"吐蕃"这一过时的称谓,改建两个都指挥使司和一个军民元帅府,直接受命于朝廷。但之后不久,明朝就丧失了对这里的控制。
清朝更加强化在藏区的统治,册封藏教两大活佛——达赖喇嘛和班禅额尔德尼,并且设立驻藏大臣,将决定活佛转世灵童的权力收回中央,清代藏教鼎盛,除了这两大活佛,还有内蒙古的章嘉活佛与外蒙古的哲布尊丹巴。