清朝入关后，祭祀用了太庙，那原来太庙里明朝的老祖宗们去哪里了？

明朝的皇陵，清朝都维护得好好的，更何况明朝太庙里那些牌位了。

清朝入关之后，为了收服人心等目的，很快就派遣重兵守护明朝太庙与明皇陵，甚至不断进行祭祀朝拜，连南京的明太祖明孝陵都没落下。

顺治时期，清朝觉得自家原本的太庙在盛京很不方便，干脆就升附占用了明朝的太庙，而在爱新觉罗家把自家牌位挪进去的同时，将本来明朝的牌位移入了历代帝王庙。

李自成大军破城之后，崇祯帝在煤山自缢，明朝就此终结，不过李自成的大顺王朝并没有维持多久就玩儿崩了，公元1644年清军入关后势如破竹，很快就定鼎中原。

虽然大顺非常不起眼，但是按照当初清朝入关的说法，是大顺灭了大明朝，而清朝又除掉了大顺，因此清朝与明朝之间并没有直接的冤仇，因此，清朝在迁都关内之后，对于明朝的各方面传承保护，做得非常好。

从顺治帝在位期间开始，清朝就严格保护紫禁城、太庙与明十三陵等地，但除了明皇陵，紫禁城被爱新觉罗家改造后住了，而太庙也被清朝给占用了。

本来，清朝效仿明朝的制度也建立了太庙，位于关外的盛京，也就是他们入关前的都城，供奉的是爱新觉罗家自己的祖宗。

但是在入关后不久，清朝迁都北京，要前往关外的太庙进行祭祀之类，就已经非常不便了，于是再三考虑之后，清朝决定在关内祭祀，而他们也没有自己建立太庙，直接就占了明朝修建的太庙，堂而皇之把努尔哈赤等人的神主牌挪了进去。

自然，清朝不会将明朝历代皇帝的神主牌随便扔掉，或者劈了当柴火烧了，而是将明朝先皇的神主牌全部挪进了历代帝王庙当中。

明朝建立之后，明太祖朱元璋在南京钦天山建立了一座大庙，里面供奉着以往朝代的开创者的神主牌，以此表示自己的正统地位。

明武宗绝嗣之后，传位其堂弟兴献王世子朱厚熜，也就是后来的明世宗，他的继位实在有很大的侥幸成分，因此他在继位之后，也效仿明太祖的做法，于嘉靖九年在北京兴建历代帝王庙并废弃南京的历代帝王庙。

北京的历代帝王庙供奉着从上古三皇五帝到后来的诸多帝王，比如周文王、周武王等，还有历代历朝的诸多贤臣能人。

顺治元年六月，清朝决定将原本太庙之中的明代皇帝神主牌全部挪进了历代帝王庙中，次年又将辽太祖、金太祖、金世宗、元太祖等朝代帝王的神主牌设祭于内。

顺治八年的时候，清朝辅国公叶布舒、镇国公高塞、散秩大臣完颜洪阿等，还有大量明朝遗臣内监等，用黄舆将明代神主移到历代帝王庙，当时整个历代帝王庙中供奉的历代帝王神主牌位也只有二十五人而已。

康熙时期，由于清朝的江山逐渐稳固，康熙帝开始放宽历代帝王庙供奉的标准，将许多原本名声根本就不怎么样的皇帝，也都挪进了历代帝王庙。

康熙时的历代帝王庙，已供奉一百四十三位帝王，到雍正时期增加到一百六十四位，这一时期的历代帝王庙供奉，已经基本定型。

历代帝王庙在清朝，与鸠占鹊巢的太庙，还有祭祀孔夫子的孔庙，并称三大庙，地位其实是非同一般，而清廷如此大费周章，也是为了强化安抚作用，以稳固江山，说起来历代帝王庙就像是个大型集中供奉前朝君王的公共大庙。

历代帝王庙中供奉的明朝皇帝有十三位，包括建文帝与景泰帝，却没有明神宗朱翊钧、明光宗朱常洛与明熹宗朱由校的牌位。