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以下原因可能会造成公司扣了税，在年度个人所得税汇算时需要补缴：

一、个人从两处以上取得了工资薪金收入。

如果个人从两处以上取得工资薪金收入，尽管发工资时公司扣了税，但在个人所得税汇算时，两处的工资薪金需要合并计算应交税款，但社保、公积金、子女教育、赡养老人等扣除项目总额不变，有可能由于适用税增高等原因，导致需要补交税款。

二、个人取得了不同应税项目的收入。

个人所得税汇算，是将个人工资薪金、劳务报酬、稿酬、特许权使用费等四项收入汇总计算个人所得税，如果个人除工资之外，还有其他应税收入，个人所得税汇算是有可能需要补缴税款。

三、个人在2019年度中间换了工作单位。

如果个人在2019年度中间换了工作单位，新入职的单位在发放工资代扣代缴个人所税时，系统不能将之前任职单位已经代扣代缴数据传递到新任职单位，这样代扣代缴数据就不具有连续性，有可能导致在年度汇算时需要交税款。这也是税务系统需要改进的地方。

四、公司扣税时计算错误。

出现这种情况的可能性非常小，当然不排除这种可能性，所以，汇算数据需要个人仔细检查核对。