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这种说法不可信，需要视具体情况而定。

根据你描述，公司承接了一个清包工项目，且已经为甲方开具了发票，作为乙方，你们可以到税务代开发票来入账。其实没有这个必要。

根据营改增相关文件规定，清包工工程增值税可以实行简易计税，征收率为3%。这种情况下，贵公司是不需要增值税专用发票用来抵扣的，因此，甲方的提醒应该是针对企业所得税的。担心你们只有收入没有成本，所得税会很多，其实不一定，需要区分不同的情况来处理。

一、贵公司直接提供的服务。

对于企业所得税而言，如果贵公司直接找农民工来提供的服务，由贵公司直接根据农民工出勤天数、工资标准等制作工资表并据实发放，且代扣代缴了个人所得税，那么贵公司发放的农民工工资是可以根据工资表及转款凭证据实税前扣除的。这种情况下，不需要农民工提供发票。

当然了，有人担心社保问题，没有为农民工缴纳社保，税务会认可吗？

在目前的环境下，虽然没有为农民工缴纳社保，但据实发放的工资税务部门是认可的。毕竟农民工社保问题在一个普遍存在的现象，不是一时半会可以解决的。在这方面，税务机关的执法还是比较人性化的。

二、存在分包行为。

如果贵公司将部分工程分包给了劳务公司，对于分包的工程，是需要对方提供发票的。贵公司凭对方开具的增值税普通发票据实入账，税前扣除。