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两家公司分别预扣预缴个人所得税，在年度终了后再按规定汇算清缴。

举个例子来说明，大家一下就看明白了。

小张为会计师、注册会计师，在甲房地产公司从事财务工作，月薪10000元，同时，又在乙房地产公司兼职，月工资5000元。

根据个人所得税法的规定，甲乙两家公司在发放工资时，都需要依据为其预扣预缴个人所得税，基本扣除费用都是每年60000元。但对同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从甲乙中的一家公司取得的所得中减除。假设小张专项附加扣除每月3000元，选择在甲公司扣除，另甲公司每月为其扣缴社保及公积金2000元。

1、在预扣预缴个人所得税时，甲乙两家公司的扣缴情况如下：

甲公司当年累计预扣预缴应纳税所得额=累计收入-累计免税收入-累计减除费用-累计专项扣除-累计专项附加扣除-累计依法确定的其他扣除

=120000-60000-36000-24000=0（元）。

所以，甲公司应为其预扣预缴的个人所得税为零元。

乙公司当年累计预扣预缴应纳税所得额=累计收入-累计免税收入-累计减除费用-累计专项扣除-累计专项附加扣除-累计依法确定的其他扣除

=60000-60000=0（元）

乙公司应为其预扣预缴的个人所得税也为零元。

在预扣预缴阶段，因为基本扣除费用60000元在甲乙两家公司都可以扣除，所以造成小张预缴税款为零。根据个人所得税法规定，小张需要在年度终了后办理个人所得税的汇算清缴，计算应补（退）的税额。

2、年度汇算清缴的计算过程如下：

假设小张当年没有其他综合所得，没有捐赠支出等其他扣除项目。

小张年度汇算应退或应补税额=[（综合所得收入额-60000元-“三险一金”等专项扣除-子女教育等专项附加扣除-依法确定的其他扣除-捐赠）×适用税率-速算扣除数]-当年已预缴税额

=[（180000-60000-24000-36000）×10%-2520]-0

=60000×10%-2520

=6000-2520=3480（元）。

小张汇算清缴的结果是需要补税3480元。