基因的遗传和变异是进化的基础。进化论是现代生物学的一个基本理论,一方面生物在继代繁殖的过程中都会继承其亲本的遗传物质即基因,另一方面繁殖过程中会通过基因重组基因突变等过程导致子代的基因与亲本并不完全相同,这个过程随着时间逐渐放大就是进化的发生过程。而进化论认为现存地球的所有生物都是由几十亿年前的共同祖先进化而来,因此地球所有生物都会有某些共同的遗传基因,这种遗基因质的差异比例体现了两个物种之间的在进化过程中的亲缘关系,两个物种的相同基因比例越大,说明两个物种在进化树上分开的时间越短。
为什么人类与老鼠甚至鱼类都还有这么多相同的基因呢人类与所有以细胞为基础的生物体都共享一些基本的持家基因。所有的动物都共享一个生物圈环境,我们的生存都需要氧气,一些共同的营养物质,矿物质和水,我们都是有性繁殖,从受精卵开始发育到胚胎成长。因此,在人类和动物细胞内进行的生化过程中会有一些共性,类似的生化功能需要一组类似的基因来编码相似的功能酶。因此,虽然我们可能在很大程度上看起来与老鼠或者鱼非常不同,但我们在细胞水平上需要许多类似的基因——持家基因,又称为管家基因(house-keeping genes),维持着细胞基本功能和复制过程。这些基因控制着基本的细胞代谢途径。例如,所有进行有氧呼吸有线粒体的生物共享细胞呼吸通路,即使是植物,和所有动物都有相同的细胞呼吸路径来提供代谢能量,吸收氧气和释放二氧化碳。由于持家基因的角色在维护基本细胞功能和细胞的存在是必不可少的,所有它们在几乎所有细胞生物中都存在,因为持家基因的功能性突变意味着个体的死亡。
因此,别说是动物,人类与植物都共享许多基因家族,通过基因组同源性的比较,人类与拟南芥基因组同源性为17%,与水稻基因组同源性为15%,与酵母基因组同源性为11%,与大肠杆菌基因组同源性为2%。