元朝建立之后,乌斯藏与朵甘等地成为了元帝国的一部分,元朝在西藏建立统治,这也是西藏从此成为中国领土不可分割的一部分的开始。
元朝在西藏设立宣政院(总制院)辖地,而宣政院掌管当时全国的宗教事务与西藏的军政民政,地位非常高,宣政院使一般都是由丞相兼任。
明朝推翻蒙古人统治之后,继承了在西藏地区的统治,然而,明朝时代的西藏,实际上处于半独立状态。
明朝后期,也逐渐失去了对西藏的控制。
直到清朝,因为藏教在蒙古的兴盛,蒙藏之间的联系也越来越密切,藏教在外蒙古的活佛哲布尊丹巴,在内蒙古的章嘉活佛,都是藏教的领袖人物。
对于边疆地区的强化统治,清朝的确要更加出色,清朝联合蒙古入主中原后,卸磨杀驴,在漠北施行减丁与分化,推行盟旗制度。
而在西藏,一方面将藏教定为国教,又册封达赖喇嘛与班禅,将活佛转世灵童决定权收归中央,又派遣驻藏大臣管理西藏。