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根据题主的描述，开了一家40平方米的小吃店，办理了三证合一的个体营业执照，已经开业2年多，每月营业额低于3万元，但没有办理税务登记，咨询该如何处理，是否需要注销后重新办理。

这种情况在个体经营中非常普遍，有的不知道需要办理，有的不知道如何办理。

三证合一以后，税务登记证已经取消了。纳税人在办理营业执照后，只需到税务机关办理税种认定即可。所谓税种认定，就是根据企业营业执照上记载的经营范围，核定企业需要交哪些税。

关于税种认定的时间期限，并没有具体要求，但一般应当在开始正式生产经营，产生纳税义务之前。除非因为没有办理税种认定而少交税款，税务机关就不会处以罚款。

根据你的描述，个体工商户营业执照，小饭店营业面积40平方米，每月营业额不足3万元。依据目前的税收政策，免交增值税、城建税及附加、个人所得税，因此并没有少交税款，税务机关不会处以罚款，直接去补办即可。

建议办理税种认定后及时领取发票，这样可以更好地满足客户需要。发票本身免费，每月开票金额只要不超过10万元，也不需要缴纳税款，何乐而不为呢？相反，客户索要发表时如果不能提供，万一向税务机关举报，这时除补开发票外，还需要对饭店处于罚款。