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施工企业不需要对甲供材料进行账务处理。

所谓甲供材，是指在工程建设过程中，甲方提供部分建筑材料，由乙方进行施工。对于甲方提供建筑材料的工程项目，称为甲供工程。

既然甲供材料是由甲方采购的，当然采购过程与施工企业无关，签订采购合同、支付材料款都是由甲方负责，材料供应商发票也是开给甲方的，所以，这一切都需要甲方作出账务处理，与施工企业无关。甲方给你们材料发票复印件做什么用的，不明白，因为贵公司根本就不需要。

至于工程结算，大致是这样的。

比如：工程承包合同总金额1亿元，在施工过程中，甲方自行采购了部分材料，在工程结算时，比方根据信息价，确认材料金额为2000万元。则贵公司实际工程结算金额为8000万元。贵公司向甲方开具8000万元的发票，甲方支付贵公司8000万元的工程款。当然，质保金的支付相应需要延后。

对于甲供材工程，根据营改增相关文件规定，乙方增值税可以实行简易计税，征收率为3%。不知道你们双方在施工合同中对开具发票是否有约定，是如何约定的。作为乙方，在这个问题上其实很被动，在开票的税率适用问题上往往必须经过甲方同意。

顺便提醒你，贵公司设置了内外两套账，这属于违法行为。建议及时纠正错误，进行正确的账务和税务处理，以降低企业涉税风险。