首先,当时主要的蒙古察哈尔部根本打不过女真人。察哈尔下的科尔沁部曾经参加叶赫部等部落联盟攻打建州女真,但是均惨败而归。
蒙古末代大汗林丹汗继承大位以后,面对女真人的挑衅,曾经采取联合明朝防备女真的措施。然而却在女真人的攻击下被迫向西迁移到了青海境内。最终林丹汗因感染天花死去,其遗孀与传国玉玺都被皇太极接收。
察哈尔部中的科尔沁部,与建州女真风俗相近,在参加攻打建州女真的联盟失败后,开始与建州交好。努尔哈赤通过与科尔沁部的联姻,削弱察哈尔部的势力。
最终,科尔沁、喀尔喀等蒙古部落纷纷被女真以联姻方式拉拢,继而又编入八旗,蒙古势力大弱,最后形成了后金政权的一部分。
后金与后来的清朝,在蒙古采取“南不封王北不断亲”、“分封以制其力”、“崇释以制其生”三大政策。也就是以和亲政策不断强化与蒙古的联盟;大规模分封蒙古诸王,削弱其内部力量;大规模在蒙古推行藏教,强行要求蒙古男子出家,削减蒙古人口。漠北的威胁,最终在清朝被解决。