主体起源于东北亚大陆,还有少部分来源于南洋岛民。日本人属蒙古人种东亚类型,使用日语,虽然日语与汉语渊源很深但国际上认为是独立语系。在神话传说中,日本人是秦朝方士徐福带过去的童年童女的后代。
对于日本人的起源至今没有定论,日本人在旧石器晚期才有所发展,考古发现直到几十万年前才有来自于东北亚的古代人类移居日本列岛。
日本最早的古人类化石出现于10万年前,主要来自于朝鲜半岛、黄河流域、古代中原人、古代长江流域的吴越人,还有少量来自于东南亚的马来人与印支人。
如今日本人的Y染色体构成中,CM130占据8.5%,DM174占据34.7%,OM175占据54.2%,日本人基因中还有20%以上M122,也就是古中国人基因,后来突变为了 M134,也就是古羌人,以及汉人的M117与藏人的M133。也就是说,日本人来源于大陆地区。
冰河时代,日本列岛与大陆连成一体,大量大陆古人类移到了日本列岛,而后春秋战国时代,大量中原人为了躲避战乱而移民日本,逐渐形成了如今的日本人祖先。