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转让在建工程核心问题在于，一是申报怎么填写；二是扣除项目如何计算？

在2016年7月7日之前，总局的申报没有单独的转让在建工程土地增值税申报表，《国家税务总局 关于修订土地增值税纳税申报表的通知》（税总函〔2016〕309号）增加了申报表（六），即：纳税人整体转让在建工程适用，明确了转让在建工程时如何申报土地增值税。申报六与申报二（清算适用）主体部分仅有的区别就是申报二有代收费用扣除栏目，以及申报二有多个减免税选择项。此外，表头部分，申报二需要填写总可售面积、自用出租面积、已售面积等信息。

转让在建工程的方式有三种：一是转让在建工程资产本身，开具增值税发票；二是收购项目公司股权；三是直接在国土部门更换开发主体。若采取的是第一种方式，那么需要缴纳土地增值税。

在收购在建工程资产之后继续开发成商品房再销售的，如何确定其取得在建工程的扣除项目，取决于上一手转让在建工程时是如何缴税的。

举个例子：

A公司取得土地成本1亿元，房地产开发成本2000万元，财务费用中的利息支出不能提供金融机构证明，当地规定房地产开发费用按照基数的10%扣除，假设A公司将该在建工程转让给B公司，转让价款是2亿元，不考虑转让房地产相关的税费，问：转让该在建工程应缴纳多少土地增值税？

首先要判断上述案例是否属于从事房地产开发？即：（1）从事土地开发；（2）房地产开发企业；（3）从事房地产开发，三者的区别到底是什么？

a. ”房地产开发企业“应从资质的角度判断，即是否工商营业范围包含了房地产开发，或者从国土部门的角度是否具备房地产开发资质。也就是说房地产开发企业并不意味着正在开发房地产，只要具备开发的条件和资质就是房地产开发企业，无论以前、当前或未来是否开发过房地产，只要现在有资质，就叫房地产开发企业。

b. ”从事房地产开发“应从行为的角度来判断，按照现有的规定，不一定是房地产开发企业才能开发房地产，企业的自建房以及某些企业从政府申请到土地为员工盖安居性商品房都叫开发房地产，但是企业本身并不一定具备房地产开发资质，经营范围也可能不包括房地产开发。所以说，从事房地产开发讲的应该是行为本身是否正在从事或进行开发房地产的行为。

c. ”从事土地开发“与”从事房地产开发“的区别是什么？如果任何楼都没有盖，只是在土地上搞来搞去，是否可以理解只是从事土地开发？若房子盖起来了一部分，是否可以理解是从事房地产开发？

根据《土地增值税暂行条例实施细则》第七条第六项规定，对从事房地产开发的纳税人可加计20％的扣除。若上述案例的转让在建工程可以判断为从事房地产开发，其扣除项目=1亿元+2000万元+（1亿元+2000万元）*10%+（1亿元+2000万元）*20%=1.56亿元，转让价格2亿元，开具增值税发票2亿元，增值额=2亿元-1.56亿元=0.44亿元，增值率=0.44÷1.56=28.21%，适用税率30%，应缴土地增值税=0.44*30%=0.132亿元。

若不认定为从事房地产开发，其扣除项目=1亿元+2000万元+（1亿元+2000万元）*10%=1.32亿元，转让价格2亿元，开具增值税发票2亿元，增值额=2亿元-1.32亿元=0.68亿元，增值率=0.68÷1.32=51.52%，适用税率40%，应缴土地增值税=0.68*40%-1.32*5%=0.206亿元。

转让在建工程时，能否被税局判定属于从事房地产开发很重要，若税局认为从事房地产开发既要是房地产开发企业，也要从事房地产开发，那么转让在建工程的企业若属于企业自建房或从国家申请一块土地为员工盖安居性商品房，经营范围不包含房地产开发，也没有取得国土部门的房地产开发资质，那么将面临多缴税款的风险，按照上述案例，需要多缴土地增值税0.206-0.132=0.074亿元。

除了转让在建工程时存在上述税务风险之外，取得在建工程后继续投入开发，建成商品房再转让时，如何计算土地增值税也有如何加计扣除的问题。延续上面的案例，假设：B公司取得在建工程后，继续投入5000万房地产开发成本并竣工验收，全部销售完工房地产项目取得5亿元，问：应缴纳多少土地增值税？

扣除项目有三种算法：

第一种算法：2亿元开票金额+本次房地产开发成本5000万元+（2亿元开票金额+5000万元）*10%房地产开发费用+（2亿元开票金额+5000万元）*20%加计扣除；

第二种算法：2亿元开票金额+本次房地产开发成本5000万元+5000万元*10%房地产开发费用+5000万元*20%；

第三种算法：1亿元上一手取得土地成本+上一手房地产开发成本2000万元+本次房地产开发成本5000万元+（1亿元上一手取得土地成本+上一手房地产开发成本2000万元+本次房地产开发成本5000万元）*10%房地产开发费用+（1亿元上一手取得土地成本+上一手房地产开发成本2000万元+本次房地产开发成本5000万元）*20%；

上述三种算法的区别，一是上一手转让在建工程时已经加计扣除的，在取得在建工程后继续开发房地产清算环节是否允许重复再一次加计扣除；二是上一手转让在建工程时已经计入房地产开发费用的基数部分，在取得在建工程后继续开发房地产清算环节是否允许重复计入计算房地产开发费用的基数。

最后就是，申报表二的扣除项目里，只有”土地征用及拆迁补偿费“、”前期工程费“、”建筑安装工程费“、”基础设施费“、”公共配套设施费“、”开发间接费“等等项目，开票金额2亿元到底填在哪里呢？