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增值税发票，不仅是交易凭证，同时还是完税凭证，所以，开具发票以后，流程上最好要规范一些。一般要从三个方面来完善，第一是货物流，就是货物交接的凭证，销售方的出库单，购货方的入库单，对账单等等，第二是发票流，就是开具好的增值税发票，第三是资金流，指的是跟这批货物交易相关的资金流水。税局稽查，一般也是查资金流，发票流，货物流。

对于资金流，税局并没有规定收款方式，可以是现金，也可以是银行转账。而转给个人账户，确实不太合规。

如果是资金量小的交易，可以用现金收款，结算起点以下的可以使用现金。超过结算起点的，最好是通过银行转账。对于题主所说的资金打入个人账户的行为，可以通过以下的方式来处理：

1、从个人账户退回资金，让对方从公户转过来。

2、不退回资金，个人可以多次取现，以现金的方式收取货款。

3、单位出具委托收款证明，证明个人账户的收款是单位授权的。

用个人账户收款，偶尔为之可以，长期这样操作会带来税务风险。所以还是谁销售，谁收款，这种越俎代庖，又不讨好的事儿还是别干的好。