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问的问题不太真实。

1.首先不存在乡镇副科级干部调任县直机关科员的情况。乡镇副科级干部大多数都是副乡长，如果真被组织安排去当县直机关科员，那说明你被降职了或者是犯了错误，不然不会从副科级干部调整为普通科员，如果出现这种情况，那就不是你能不能选择问题，而是必须服从组织安排。正常的情况是副乡长调任县直机关各局的副局长。

2.如果是从县直机关科员，提拔到乡镇当副乡长，这种情况属于提拔重用，如果年轻可以选择去当副乡长，毕竟是组织对你的信任。当然了乡镇的工作非常繁琐，加班加点是常态，如果不想去，那么在组织到你谈话时你要有充足的理由，否则后续可能你就一直是科员了，很难再被提拔重用。

最后，如何选择，还是要看个人具体情况，主要是家庭情况，我本人认为如果县直机关科员被组织提拔重用去当副乡长是完全可以去的。