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关于这个问题回答如下：

1.如果是公司资金和公司收入，这种操作肯定是违法行为。这种情况很可能是利用个体工商户个人所得税优惠政策和增值税小规模纳税人优惠政策逃避缴纳税款。

2.按税法规定属于公司收入，应该由公司开票，而不是个体工商户开具发票。表面上是违反发票开具规定，实际上最终是为了偷逃国家税款。目前这种偷逃国家税款的手段实际上已经引起税务机关的重视，一旦被税务机关查处，将面临补缴税款、滞纳金及罚款的处罚。

3.实务中的确存在部分小微企业可能老板既登记注册了公司，同时又注册个体工商户。如果两者交易符合独立交易原则，公司与个体工商户业务分开核算不会有什么问题。如果通过这种方式隐瞒或者转移公司收入是存在很大涉税风险的。