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关于这个问题回答如下：

1.首先公司一定要注意核实情况，自己的业务是否真实，开具发票是否合规。如果业务真实，发票开具也合规，这种情况准备好相关证据资料，做好检查时的解释说明工作，属于增值税异常抵扣凭证的，按增值税异常抵扣凭证规定依法进行申诉处理。实务也存在可能存在误判的情况。因为有个别公司可能有部分是虚开的发票，有部分是开具的真实合规发票。如果业务不真实，属于接受的虚开发票，建议积极主动配合税务机关调查和依法处理，争取减轻处罚。

2.如果接受的是虚开发票，如果是增值税专用发票，不得抵扣增值税进项税额，企业所得税也不允许税前扣除。

3.如果业务真实，但是发票开具不符合规定，比如由第三方代开的发票，这种情况需要重新开具合规发票才能进行增值税进项税额抵扣和企业所得税税前扣除。