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合同约定税率本身就有问题，协商解决。

纳税人缴纳增值税，应当按经济业务发生时适用的税率，合同约定提供税率为3%的增值税发票，没有考虑到增值税相关政策的变化。

建筑安装服务，履行合同时间周期一般相对较长，所以一定要考虑到相关政策的变化，我们一般建议约定提供发票的种类，比如要求提供增值税专用发票，但对于税率不宜做约定，按国家税收政策执行即可。

针对你说的这种情况，建议：

1、对于税率变化之前完成了工程量，开据税率为3%的增值税发票，这一点在政策上没有任何问题；

2、对于税率变化之后完成的建筑安装工程服务，开具税率为1%的增值税发票，但需要给对方一定程度的价格优惠，这样对双方来说都是公平的。

3、贵公司放弃增值税税收优惠，开具税率为3%的增值税发票。

4、对于建筑安装工程服务合同，建议直接约定以不含税价进行结算，开票产生的增值税据实结算，这样就不用考虑增值税率的变化。

希望我的回答对你有所帮助。