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分三种不同的情况处理。

一、建筑企业为小规模纳税人取得的专用发票不能抵扣。

小规模纳税人提供建筑服务，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算应缴税款。

例：某小规模建筑企业提供建筑劳务，取得收入103万元，则应当缴纳的增值税=103/（1+3%）*3%=3万元。

二、建筑企业为增值税一般纳税人，如果承包的工程为实行简易计税的老项目或为清包工工程和甲供工程提供建筑服务并选择简易计税方式，取得的增值税专用发票也不能抵扣。

三、作为一般纳税人的建筑企业为适用一般计税方法的工程项目提供建筑服务，取得的增值税专用发票可以按规定扣除。

依据《关于建筑服务等营改增试点政策的通知》（财税〔2017〕58号）及营改增相关文件规定，纳税人提供建筑服务取得预收款，应在收到预收款时，以取得的预收款扣除支付的分包款后的余额，按规定预征率预缴增值税，适用一般计税方法计税的项目预征率为2%。已经预缴的税款，可以在当期增值税应纳税额中抵减，抵减不完的，结转下期继续抵减。

企业在纳税义务发生时，按规定计算应当确认的销售收入及增值税销项税额，抵减增值税进项税额及已经预缴的增值税，计算当期应当缴纳的增值税，未抵减完的进项税额可以结转下期继续扣除。

希望我的回答对你有所帮助。