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两个股东，一个承担90万元，另一个承担10万元，其余的400万元由债权人承担损失。

现在注册资本实行认缴制，在一定时间期限内，股东可以不实际出资，注册资本与实收资本两者可以不一致。

像你说的这个情况，公司注册资本100万元，一个股东认缴90万元，占90%；另一个股东认缴10万元，占10%。现在两个股东都没有实际出资，公司已经亏了500万元。

不用多说，这生意肯定是没法继续做下去了，公司肯定面临着注销。但是已经亏损的500万元，应该由谁承担？

根据规定，有限责任公司的股东，以其认缴的出资额为限，对公司债务承担责任。依据上述规定，两个股东，一个认缴了90万元，另一个认缴了10万元，他们就分别应当以90万元和10万元为限，对公司债务承担责任。

两个股东都不愿意承担责任，不愿意实际出资，因为这个100万元拿出来就是要给债权人的。他们很可能的理由就是，出资企业还未到，要等到10年或者20年之后。

这一点公司法专门有规定，有限责任公司在注销清算时，未到期的注册资本视同到期，所以股东必须将这100万元拿出来，偿还债权人的债务，否则公司无法注销。

像这种情况，已经资不抵债，无法足额清偿债务，所以，不能是简单的注销，而应通过破产清算程序。100万元出资作为破产财产，按破产法规定的程序分配给债权人，股东已无权自行处置，如果公司不再经营，决定注销的话。

另外亏损的400万元怎么办呢？

另外的400万元，只能作为债权人的损失。因为股东已经按规定，承担了其出资义务，以认缴的出资额对公司债务承担了责任。超出其出资义务的部分，只能由债权人自行承担。

当然，还有另外一种可能，那就是股东看好公司的未来发展前景。

虽然目前亏损，但美好前景可期。这种情况下，股东可以通过外部融资等多种方式，解决债务问题，使公司可以正常运营下去。