清朝对于新疆的治理始于1755年,清朝先后平定了准噶尔与阿睦尔撒纳的残余势力,将西域地区纳入统治,乾隆帝弘历将这一片土地命名为“新疆”。唐朝在西域的领土丧失以后,后来的宋朝、元朝、明朝都没有能够完全收复,直到清朝时期。清朝统一西域,主要原因就是平定准噶尔的威胁,以及君主显示丰功伟绩。
汉朝时代,西域(今新疆)正式纳入中原王朝的统治。然而唐朝以后,西域逐渐游离于中原以外,先后出现了回鹘、察合台、叶尔羌等众多地区势力。蒙古帝国土崩瓦解以后,蒙古的一个分支——卫拉特蒙古(漠西蒙古)占据了西域地区。
17世纪,卫拉特蒙古的一支——准噶尔部崛起,吞并叶尔羌汗国,打败了卫拉特蒙古盟主鄂齐儿图汗,将松散部落联盟变成了一个集权统一的强大汗国,后来,又开始威胁清朝的统治,入侵喀尔喀蒙古与西藏地区。
清朝时代,满洲尊奉藏教,与西藏联系密切,而喀尔喀蒙古也是归顺清朝的臣属,对于清朝而言。保护他们不仅仅是面子的问题,更与清朝的切身利益息息相关。
康熙、雍正与乾隆三代皇帝,最终平定了准噶尔与回疆大小和卓叛乱,而整个新疆地区自古以来就是中原王朝的领土,同时与蒙古等地连接,对于定都北京的清朝来说,战略地位也非常重要。