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这个要视各地土地确权的进展而定。

土地承包经营权证书是农户具有承包地块的土地承包经营权的有效证明。土地确权后，为农民发放的新版土地承包经营权证书是农户具有确权地块及面积的土地承包经营权的有效证明，农户具有获得承包地块的相应补贴的权利。所以，以后农户的各项补贴将以确权面积为依据。

由于农村土地承包经营权确权登记领证是一项全国性的庞大的系统工程，土地确权的数据库要经县丶市丶省丶农业农村部层层检验，数据库经过检验合格后，还要经过人工验收，对土地确权的应用丶合理性丶逻辑性丶真实性进行检验，确认全部验收合格后才能给农户颁发经营权证书。整个验收需要花费大量的时间。因此，在土地确权没有验收之前，一般是不会使用确权后的新数据的。

由此可见，种田补贴的发放是按二轮承包面积还是按土地确权后的面积这个完全要看各地土地确权的完成情况。对于巳经通过国家丶省丶市丶县各级验收，符合确权标准，巳经给农户颁发新版土地经营证书的省份，则按照确权的数据给农户发放包括种田补贴在内的各类相关农业补贴； 对于还没有完成土地确权任务的省份，还是按照第二轮土地承包面积给农户发放包括种田补贴在内的相关农业补贴。另外，对于已经完成土地确权验收，可在新版土地经营证书发放时已经或正在发放各项种田补贴的省份，由于上报的各种数据都是第二轮承包的面积，所以仍然按照第二轮土地承包的面积进行发放。

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