纵向科研项目主要是指科研人员向各级政府单位申请的项目，包括各省部级，国家科技部教育部等等，由政府部门立项拨款，纵向科研项目的最终经费来源于纳税人。纵向课题的一般基础性较强或者具有一定的指导性，比如短时期并不能实现产业化或者国家急需在某一科研方向实现突破，比如一段时间内原油价格一路高涨，一些国家就会选择优先对生物能源或者可持续能源方面进行研究突破，各种载人航天计划天宫二号等庞大国家工程都会涉及众多科研项目。
横向项目主要指企业项目，科研单位与企业属于平等合作关系。一般解决企业难题，能够直接将科研成果转化为经济效益，服务于经济建设。