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母公司以土地投资入股子公司，需要缴纳增值税，是否涉及土地增值税需要视具体情况而定。

1、增值税。

以土地使用权投资入股子公司，土地使用权需要由母公司变更到子公司。在这个过程中，土地使用权发生了转移。依据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）文件附件1相关规定，这种行为属于增值税的征收范围，应该缴纳增值税，并以土地使用权属变更的当天作为纳税义务发生时间。

如何缴纳增值税呢？

（1）计税依据。

在计算应缴增值税时，应以投资协议约定的价格作为土地使用权转移的价格。约定价格明显偏低的，应以评估的市场价值作为计税依据。

（2）适用税率。

母公司以土地使用权投资子公司，一般纳税人适用的增值税率为9%；小规模纳税人实行简易计税，征收率为3%。

（3）过渡政策。

依据《关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知》（财税〔2016〕47号）文件规定，如果以2016年4月30日前取得的土地使用权投资，可以选择适用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用减去取得该土地使用权的原价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算缴纳增值税。

例：某公司以市场价值5亿元的土地使用权投资子公司，如果该土地使用权是在营改增之后取得的，则增值税销项税额=50000/（1+9%）*9%=4128.44(万元）；如果该土地使用权是在营改增之前取得的，原值4亿元，该公司选择简易计税，则应缴增值税=（50000-40000）/（1+5%）*5%=476.19（万元）。

2、土地增值税。

依据土地增值税暂行条例及实施细则规定，母公司以土地投资入股子公司并取得子公司的股权，属于转让国有土地使用权并取得了收入，属于土地增值税的征收范围。但是，为了鼓励企业改制重组，国家出台了相关税收优惠政策。

依据财税〔2018〕57号、财政部 税务总局公告2021年第21号文件规定，单位在改制重组时以房地产作价入股进行投资，对其将房地产转移、变更到被投资的企业，暂不征土地增值税，但是上述政策不适用于房地产转移任意一方为房地产开发企业的情形。

依据上述政策，如果母子公司双方中的任何一方均不是房地产企业，母公司以土地投资入股子公司，免征土地增值税；如果任何一方从事房地产开发，那么这种投资行为就需要缴纳土地增值税。