北京同仁堂和南京同仁堂以前是同一个公司，现在两家相互独立。
北京同仁堂始创于1669年，至今已有349年的历史。南京同仁堂成立于1926年，原来是北京同仁堂在南京的分公司。不过在1955年公私合营时期，南京同仁堂从同仁堂集团分拆，北京同仁堂归北京市政府，南京同仁堂归南京市政府。
北京同仁堂和南京同仁堂都是正统，至今两个公司的古训仍是一个：炮制虽繁必不敢省人工，品位虽贵必不敢减物力。
北京同仁堂集团是北京市政府独资企业，主营业务包括现代制药业、零售商业和医疗服务，整个集团拥有六个二级集团，三家上市公司现在在A股和港股两地上市的同仁堂（600085.SH）就是北京同仁堂集团旗下的一家子公司。
截至2018年1月18日，同仁堂总市值约467亿元。公司的主要产品有白凤系列、国公酒、同仁牛黄清心丸、同仁大活络丸、安宫牛黄丸等。财报显示，2017年前三季度，同仁堂营业收入97.83亿元，同比增长9.97%；净利润8.19亿元，同比增长8.07%。
同仁堂集团另一家上市公司——同仁堂科技（1666.HK）,公司主要从事医药技术开发、技术咨询、研究生物制剂，主要产品包括感冒清热颗粒、六味地黄丸、牛黄解毒片及感冒软胶囊等。
截至2018年1月18日，同仁堂科技总市值为156亿港元。
同仁堂集团第三家上市公司——同仁堂国药（8138.HK）。当前同仁堂科技总市值为104亿港元。同仁堂国药主要在香港、澳门及中国以外市场经营中药产品的生产、零售及批发业务。