首先要明确的是:小规模纳税人开具增值税发票专用发票，无论是自开还是税务机关代开增值税专用发票均要依法申报缴纳增值税。
一、如果是自开增值税专用发票。一般由纳税人按季申报（按月申报）缴纳增值税。如果自开专用发票、自开普通发票以及未开票收入合计季度超过9万元（如果按月申报超过3万元），开具普通发票和未开票部分的收入也要按规定的征收率申报缴纳增值税。如果季度合计未超过9万元或月度申报未超过3万元，则只就开具增值税专用发票部分缴纳增值税。
二、如果是税务机关代开，则在代开时由税务机关直接扣缴增值税及相关城建税等附税费。如果自开普通发票、税务机关代开专用发票以及未开票收入合计季度超过9万元（如果按月申报超过3万元），开具普通发票和未开票部分的收入也要按规定的征收率申报缴纳增值税。如果季度合计未超过9万元或月度申报未超过3万元，则只就开具增值税专用发票部分缴纳增值税及相关城建税及附税费。
三、小规模纳税人不能抵扣增值税进项税额，只能实行增值税简易征收。
四、如果缴了增值税，城建税、教育费附加及地方教育费附加相应也要依法缴纳。
特别提醒:小规模企业类纳税人不涉及个人所得税，如果是自然人则税务机关代开时要扣缴个人所得税。