题主咨询的是做帐问题，企业发生的相关经济业务，应当凭原始凭证据实入账。企业会计准则强调业务的真实性，并没有要求必须取得发票。所以，只要发生的成本费用支出真实，凭付款审批单、货物入库单、付款凭证等单据据实入账。
小规模纳税人是增值税的概念，说明企业规模不大，年营业收入在500万以下。有可能是个体工商户或个人独资企业，也有可能是公司制法人企业，这一点题主没有表述清楚。
小规模纳税人出现这种情况很正常，有些老板发票意识不强，认为不要发票价格优惠，所以，采购只选便宜的，根本不考虑发票问题。如果下游客户以居民日常消费为主，往往也不需要对外开具发票，所以，根本就没有发票意识。
很多人担心的是，没有发票，税收问题如何解决？
如果是个体工商户或者个人独资企业，税收大多实行核定征收政策，季度销售额低于30万元的，免交增值税。所以，对他们来说，税收倒不是主要问题。
如果是公司制法人企业，季度销售额低于30万元的免交增值税，超过30万元的，也是实行简易征收政策，因此，进货没有成本，发票对其应交增值税没有影响，真正受到影响的是企业所得税。由于其年销售收入低于500万元，所以在企业所得税汇算时，即使进行纳税调整，年度应纳税所得额有限，可以享受小微企业的税收优惠政策，对年应纳税所得额低于100万元（含100万元）的，其所得减按25%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税，所以，企业所得税税负率同样不高。
正因为税负不高，所以题主咨询的是会计核算问题，而不是税收问题。